基础医学院始建于1951年5月，原为白求恩医科大学基础医学部，1992年改“部”为“院”，是吉林大学集基础医学教育与科研于一体的重要教学基地。
学院以医学教育体制改革为契机，不断更新教育观念，深化教育改革，改善教学条件，办学水平进一步提高，逐步形成了自身特色和优势。学院现有教职员工239人，其中，教师161人，教授59人，副教授49人，博士生指导教师36人，国家级教学名师1人、长江学者特聘教授1人、唐敖庆特聘教授5人。病理学国家级优秀教学团队1个，省级优秀教学团队4个。病理学国家级优秀教学团队1个，省级优秀教学团队5个。病理学国家级精品课程1门，省级精品课程8门，主编国家“十一五”、“十二五”规划教材8部。《临床医学课程整体优化研究》和《病理学系列教材建设的理论和实践》分别获2001年和2009年国家教学成果二等奖。基础医学实验教学中心于2012年被教育部、财政部批准为国家级实验教学示范中心。
学院非常重视学科建设和科研工作，不断提高创新意识，学科建设和科研水平明显提升。基础医学、生物学一级学科博士学位授权点覆盖学院所有二级学科。现有病理生物学教育部重点实验室1个，教育部长江学者创新团队1个。近五年来，共获得各类科研项目400余项，其中，973计划2项，国家“十二五”科技重大专项1项，国家自然科学基金重点项目1项，重大国际合作项目2项，面上项目68项。获得省部级以上奖励18项，其中国家科学技术进步二等奖1项、中华医学科技奖一等奖1项、二等奖2项、省发明奖一等奖1项、省科技进步二等奖3项、三等奖7项。作为第一单位发表SCI收录论文300余篇。顺利完成211二期工程、985二期工程的建设，目前正在进行三期工程建设。
学院始终坚持弘扬白求恩精神，积淀校园文化，培养优秀人才。现有研究生360人。其中，博士研究生137人，硕士研究生223人。近五年来，5篇博士学位论文获省级优秀博士学位论文奖，1人获教育部“博士研究生学术新人奖”。
学院全方位拓展学术交流，促进深层次国际合作，已先后与日本、加拿大、美国、英国、瑞典、香港等26个国家和地区共80余所院校及学术团体建立了学术交流关系，在干细胞组织工程、恶性肿瘤、前列腺疾病防治、真菌研究等方面开展了一系列重要的国际合作，孵化出一批优秀的科研成果。
学院依托吉林大学学科齐全、综合实力强的优势，紧紧围绕“发挥学科整体优势，提升医学教育水平，促进医学院快速和谐发展”主题，坚持以教学为中心，以学科建设为主线，以师资队伍建设和人才培养为重点，以机制体制创新为动力，以文化建设为基础，以党建创新为保障，继承和发扬白求恩优良传统，共同创造吉林大学医学事业新的辉煌。